Akárcsak az Ys III-ban, Adol Christin és barátja, Dogi utóbbi szülővárosába, Redmontba utaznak három évvel az első két játék eseményei után. Megérkezésük után megtudják, hogy gonosz történések fenyegetik a helyieket, melyeket Adolnak kell megállítania.
