A Geneforge 4 egy polgárháborút mutat be, ahol genetikailag mutálódott vagy üldözött emberek csoportjai lázadnak fel az uralkodó kaszt ellen. A főhős kezdetben a lázadók oldalán áll, ám döntései által akár a másik oldalra is átkerülhet. A játékmenet az előző részek jól bevált sémáit alkalmazza.
