Nagy feladat áll a Herceg előtt. Tudatlanul elszabadította a mágikus homokórát és a gonoszt. A Hercegnek össze kell szednie minden erejét, hogy visszaállíthassa a rendet. Szerencsére a természet erős testtel áldotta meg és rendelkezésére áll az Idő Tőre. Amíg van elég homokja visszaléphet pár másodpercet az időben, és kijavíthatja a hibáit, lassíthatja az időt, ezzel is előnyt szerezve. Ha még nem lenne elég az idő befolyásolásából, a Herceg képes a jövő foszlányait is látni, miáltal figyelmeztetve van a rá leselkedő veszélyekre.
A történet és a design kialakításában Jordan Mechner – az eredeti Prince of Persia alkotója – is hozzájárult. A játék fejlesztésében a Splinter Cell alkotói is részt vettek, ezért nem kell csodálkozni, ha a Herceg mozdulatai Sam Fisherére hasonlítanak. A játékba a homok mágikus tulajdonságai által bekerült a „bullet time” és a jövőt ábrázoló jelenetek megjelenítése. A The Sands of Time az E3 egyik legjobb játéka lett.
