A „Trinity Sight System”-nek köszönhetően ebben a részben három karakter nézőpontját követhetjük nyomon. A játékosok megválaszthatják a karaktereket és a nézőpontot az egyes fejezetek vége után.
Hugo, a Karaya Klán vezetőjének, Lucia-nak a fia, akit elküldenek, hogy menjen el a fővárosba… [tovább]
A „Trinity Sight System”-nek köszönhetően ebben a részben három karakter nézőpontját követhetjük nyomon. A játékosok megválaszthatják a karaktereket és a nézőpontot az egyes fejezetek vége után.
Hugo, a Karaya Klán vezetőjének, Lucia-nak a fia, akit elküldenek, hogy menjen el a fővárosba Zexen-be, hogy fegyverszüneti ajánlatot tegyen a klánok számára, akik nemrégiben összecsaptak a Zexen-el. A látogatás rosszul végződik, és Hugo kénytelen visszamenekülni Karaya-ba, csak hogy a falut lángokban találja. Gyermekkori barátját, Lulu-t, ekkor gyilkolja meg Chris Lightfellow a Zexeni egység vezetője. Hugo ekkor keveredik bele a háborúba. Bosszút ígérve és a klánok megvédésének érdekében Hugo átutazza Grassland-ot, hogy felkutassa a Láng Bajnokot, akinek a segítségével véget vessen a háborúnak.
Chris Lightfellow a Zexen Lovagok vezetője. Miközben országa védelmére törekszik, egyre bizonytalanabb lesz a Zexeni tanácsot illetőleg, mivel egyre inkább nem ért egyet a módszereikkel. Fegyverszünetet akar ajánlani a klánoknak, de azok megvádolják, hogy csapataival lemészárolta a Gyík törzset, ezért megtámadják. Önvédelemből megöl egy karaya-i fiút, ekkor találkozik Hugoval, aki bosszút esküszik barátja haláláért. Chris-nek sikerül elmenekülnie. Később álruhát öltva utazgat Grasslanba, hogy megtalálja elhunytnak hitt apját.
Geddoe, Harmonia egyik zsoldos egységének titokzatos vezetője. Azt a feladatot kapja, hogy nyomozzon a Láng Bajnok feltűnésével kapcsolatban. Mint kissé semleges megfigyelő többször szemtanúja volt provokatívabb pillanatoknak, mint például Zexen támadásának a Gyík klán ellen, és Karaya falu felégetésének. Ezenfelül felkelti az érdeklődését egy különös, mindig maszkot viselő pap. Végül azt a feladatot kapja, hogy keresse fel az Igaz Tűz Rúnát, aminek a megtalálása nem okoz neki nagyobb gondot.
Végül mindhárom karakter a Láng Bajnok rejtekhelyén találkozik, ahol a játékos kiválaszthatja a következőt, aki az Igaz Tűz Rúna birtokosa lesz. Kiderül a maszkos pap kiléte is, és hogy mit tervez, így a főszereplőknek össze kell fogniuk, hogy legyőzzék őt, ezzel megvédve az országuk.
Más Suikoden játékokkal ellentétben, amelyben általában néma a főszereplő, itt a Flame Champion (Láng Bajnok) és a többi főszereplő is személyiséggel és párbeszédpanellel rendelkezik. A harcrendszer is változott, bár hatan vannak a partyban mégis 2 fős csapatra vannak osztva, így például nem tudunk mind a 6 emberrel varázslatot használni. Ugyanúgy van párbaj és stratégiai háború is, bár utóbbi menete is eltér az előző részekhez képest. [bezár]