A Zi bolygón régóta a jó és a gonosz küzd egymással, a Zoid nevű robotjaikat használva. Egy félresikerült kísérlet miatt azonban más korok harcosai is felbukkannak a bolygón. A történet főhőse egy fiú, Zeru, aki barátaival és saját Zoidjavial megpróbálja visszaállítani a régi rendet.
