Klonoa egy nap megtudja, hogy a Hold egy részét ellopták. A tolvajok egy múzeumban bújnak meg, így ő is idesiet. Egy Picoo nevű idegen fogadja, aki képes bezárni az embereket a múzeum műtárgyaiba. Így Klonoának végig kell jutnia a múzeum öt világán, és visszaszereznie a Hold darabjait.
